研究活動は、当研究所のもっとも重要な活動であり、世界の主要国およびわが国の近隣諸国を主たる研究対象として、極めて広範な分野にわたり活動を展開しています。研究の実施にあたっては、広く研究所外の各分野の専門家や研究者の協力を得ながら進めています。
それらの成果のいくつかは、出版物などの形で公表されるほか、当研究所の活動記録である『ニュースレター』（JIIA Newsletter）などの誌上で随時報告しています。

現在、所内には「ロシア研究センター」、「アジア太平洋研究センター」、「アメリカ研究センター」の３つのセンターと「グローバル・イシューズ」が設置され、それぞれの地域・分野における調査研究を活発に行っています。
各センターの概要は、次のとおりです。